Οι αντενδείξεις θερμομέτρησης από το ορθό είναι οι εξής:
- Χειρουργική επέμβαση στο ορθό ή το κατώτερο τμήμα του παχέος εντέρου
- Πρόσφατος υποκλυσμός
- Ιστορικό εμφράγματος του μυοκαρδίου (λόγω πιθανού ερεθισμού του πνευμονογαστρικού νεύρου)
- Εντερική αιμορραγία
- Διαρροϊκό σύνδρομο
- Τοπική φλεγμονή στην περιοχή του πρωκτού
- Κολίτιδα
- Πρόσφατα εγχειρισμένη κύστη κόκκυγα